Die Fachschule für Technik Mühlhausen kann auf eine ca. 50-jährige Geschichte verweisen.
Im Jahr 1997 wurde die Fachschule im Zuge der Schul- netzentwicklung in die Beruflichen Schulen des Unstrut-Hainich-Kreises integriert und hat seitdem ihren Standort in Mühlhausen.

Am 04.03.2009 wurde das Institut für Wissenstransfer, Ausbildungsförderung und Fortbildung e.V. kurz (IWAFF) gegründet.
Das Institut fördert unter Anderem die Entwicklung der Aus- und Weiterbildung und unterstützt so Vielfalt und die Freiheit der Lehre an der FST.